清軍攻占長江中下游的時候，曾經發布過剃發令。漢族男人歷來是把頭發束起，盤在頭頂或腦后。滿族男人卻是留辮子，把前面的頭發剃去。如今，清朝硬要漢族人按滿族的風俗剃去頭發。他們限定人們在十天以內，一律剃發，"留頭不留發，留發不留頭"，違抗命令的，砍頭處死。剃頭匠每天挑著擔子沿街行走，只要碰見束發的人，不由分說，拉來就剃。誰要稍一反抗，便被拉去砍頭，然后把頭掛在剃頭擔的竿子上示眾。一時間，江南一帶到處充滿了恐怖的氣氛。

　　順治二年（公元一六四五年）夏天，剃發令傳到江陰（在江蘇省南部）。江陰老百姓聽說以后，先向知縣方亨請愿，要求留發。方亨不但不答應，反把請愿的人大罵了一頓。人們本來憋了一肚子火，這時候就都爆發出來了，怒斥方亨說："你本來是明朝進士，可如今身穿圓領官服，來做清朝知縣，羞不羞，丑不丑啊？"

　　過了幾天，全城人都罷了市，四鄉的農民也聞訊趕進城里，很快聚集起十多萬人。秀才許用等一百多人，來到文廟集會。許用把明太祖朱元璋的畫像掛起來，和大家一起參拜。接著，他激昂地說："束發是我們祖先留下來的傳統，豈能剃發？如今，我們只有橫下一條心：頭可斷，發不可剃！"人們摩拳擦掌，準備和清軍拚了。當天下午，一隊鄉兵手持武器沖進縣衙，抓住方亨，把他關了起來。

　　大家推舉典史（縣衙管緝捕和監獄的官）閻應元和陳遇明為首領，共同商議抗清守城大事。這時候，清軍已經開始攻城了，由于兵力懸殊，傷亡很大，形勢非常危急。閻應元把大家召集起來，說："我們這次起事是諸位自愿，既然如此，就不能再顧及個人的生死了。"眾人齊聲說："對！我們都聽您的號令。"閻應元按戶把全城居民組織起來，讓每戶派一名男子登城守衛，其余的人供應茶飯；又命人把城里的火藥集中放在城樓上，以備急用。全城百姓踴躍捐獻，很快湊起了一些鉛丸、鐵子、大炮、弓箭和錢糧。閻應元吩咐各隊人馬分守四門，他自己帶兵守衛北門。

　　不久，清軍集中了十萬大兵，依山列營好幾百座，把小小的江陰城團團包圍起來。他們用炮火作掩護，派士兵用云梯攻城。一隊隊清兵順著云梯爬到城頭，江陰軍民站在城墻上，用大刀長矛砍殺登城的清兵，還不時地往城下清軍集中的地方扔石頭、火罐、發射毒箭。雙方反復較量著，清軍始終沿江有占上風，士兵們卻已經筋疲力盡了。

　　這天晚上，苦戰了一天的清兵都睡著了。江陰城里的軍民用繩子系下許多人來。那些人趁清軍守備不嚴，悄悄地接近敵營，埋伏下來。還有一些人手拿點火的用具，四處散開放火去了。不一會兒，清營內外一片火光，大火順著風勢越燒越旺。伏兵們趁勢大喊大叫，沖殺出來。睡夢中的清兵被驚醒，東奔西逃，互相踐踏，加上伏兵們的追殺，死傷了很多人。

　　這以后，清軍再也不敢大意了，一到夜晚，就提防起來，唯恐遭到突然襲擊。有一天，正當午夜時分，城墻上忽然燈火齊明，人們擂鼓吶喊，聲音震天。清兵以為又有人來夜襲了。急忙爬起來列隊迎戰。但是他們緊張地等了半天，卻不見人來，才知道又中了閻應元的計謀。

　　這樣連著幾次，清兵被弄得像驚弓之鳥，終日惶惶不安。他們今天這個死了朋友，明天那個沒了兄弟。有的人站在大路上哭著說："我們從北京打到南京，還沒有打過這樣的惡戰，想不到江陰彈丸大的地方，倒這么難攻。"

　　清軍見強攻不成，就派明朝降將劉良佐前去招降。劉良佐來到城下，對守城軍民高聲叫喊："我是閻應元的舊友，你們告訴他，我要見他有話說。"過了一會兒，閻應元來到城門樓上。他身材魁偉，面色微黑，雙眉緊皺，顯得十分威武。

　　劉良佐連忙上前見禮，說："你我是好朋友，今天我特意勸你幾句。如今，福王已經完了，江南已經沒有明朝的主子了。你何苦還要死戰。要是及早降清，還能保住榮華富貴。"閻應元正顏厲色地說："我不過是明朝的一個典史，為國而死，有什么可惜？你身為將軍，不能保國安民，反倒投降清朝，率兵攻打江陰，你有何面目和我相見？"劉良佐無言答對，愣了半天，只好回去了。

　　第二天，劉良佐又到江陰城下。要見閻應元，閻應元不等他再說什么，就冷笑一聲說："有降將軍，無降典史！"說完，轉身進去了，城上頓時火箭齊發。劉良佐羞愧萬分，連忙帶著手下兵卒逃回清營。

　　清軍招降沒有成功，只好再調兵遣兵，加緊攻打。為攻下這座孤立無援的江陰城，他們先后調兵二十四萬，圍城八十二天，最后，由于江陰城里火藥和糧食都沒了，鄉民無力抵抗，清軍才攻進城去。

　　城破時，閻應元正坐在東城樓上指揮。聽說清軍已擁入城內，他從容地翻身上馬，率領軍民與清兵短兵相接，展開巷戰，直到兵敗被俘，壯烈犧牲。守城軍民全都戰死，沒有一個投降。

　　清軍也傷亡慘重，據說先后陣亡了七萬五千人。當地傳說，江陰義師殺死了清軍三王十八將（三位王爺，十八位將軍）。清軍攻進江陰，下令"滿盡殺盡，然后封刀"，三天的時間，殺死了十七萬二千多人，只有五十三人幸免。江陰城變成了一座"空城。"

　　在江陰東南方向的嘉定，這時候也展開了反剃發斗爭。清朝派明朝降將李成棟前去鎮壓。當地人民推舉士紳黃淳耀和侯峒曾主持城防，在城上懸起了"嘉定恢剿義師"的大旗。城中男女老幼，都組織起來守城。清軍調集大量兵馬，圍城猛攻。在外援斷絕的情況下，喜定人民困守了十幾天。城上軍民一連幾晝夜沒有合眼，兩眼腫爛，又饑又渴，可斗志十分高昂。后來，連下了幾天大雨，嘉定土城被沖破。清軍趁勢用大炮猛轟，終于攻入城內。

　　這時候，侯峒曾仍然站在城樓指揮。他的兩個兒子跑來報告城破的消息，又問他："事急了，怎么辦？"侯峒曾鎮定地說："死就是了，慌什么？"他又率領眾人抵擋了一陣，就帶著兩個兒子投河自盡了。黃淳耀也自縊而死。

　　清軍占領嘉定以后，大肆搶奪財物，光李成棟一個人，就用三百只大船運他搶到的東西。清軍對嘉定人民進行大屠殺以后，才退出了嘉定。

　　清軍的殘暴行為，不但沒有嚇倒嘉定人民，反而激起當地居民更加強烈的反抗。二十天后，江東人朱瑛自稱游擊將軍，聚集了流亡的嘉定義民，重新占領了嘉定城，繼續武裝抗清，可惜，這次反抗又被李成棟鎮壓下去了。清軍又對嘉定人民進行了一次屠殺。

　　后來，原明朝把總吳之蕃在江東起兵，反攻嘉定，不幸慘遭失敗，起義軍也全軍覆沒。清軍為了發泄怒氣，第三次屠殺了嘉定人民。

　　這三次大屠殺，后來人叫"嘉定三屠"，參加這三次反抗的漢族人民，有十幾萬人，先后壯烈犧牲的，也有兩萬多人。

　　除了江陰和嘉定，江南的許多城市，像常州、無錫、宜興、嘉興、紹興等地的民居，也先后起義，進行反剃斗爭。這些斗爭都遭到了清軍的血腥鎮壓。從此，繁華的江南地區遭到了嚴重破壞，到處都是斷井頹垣，一片破敗景象。